第一季度：黑臭河涌整治工程进度达到70%；完成流溪河流域综合规划环评修改、水量调度方案和应急调度预案资料收集、生态补偿方案修改，开展考核方案招标采购，完成41宗违法堆场的清除、46条劣Ⅴ类一级支流交办和污染源摸查，协调未贯通段整治工程用地；推进石井水厂土建部分施工；开展正果厂、派潭厂、吕田厂的土建部分施工、灵山厂的EPC招标和大观厂、沥滘厂、西塱厂、九龙一厂和九龙三厂的前期工作。开展前期工作的项目基本完成设计招标；加快推进在建项目工程进度，强化工程质量监督考核；建成设施验收合格后尽快通水运行，发挥治理实效。
第二季度： 黑臭河涌整治工程进度达到80%；完成流溪河流域综合规划环评批复、综合规划修改及征求意见、水量调度方案和应急调度预案方案编制、征求意见，完成考核方案招标采购，申报成立管委会，完成11宗临时保留堆场整改和场地复绿，绘制“作战图”，及整治行动方案，完成未贯通段整治工程招标；开展石井水厂外电施工和剩余拆迁； 开展正果厂和派潭厂的设备安装、吕田厂的土建部分施工、灵山厂的施工图设计和大观厂、沥滘厂和西塱厂的前期工作，开展九龙一厂和九龙三厂的施工招标工作。90个村完成生活污水处理设施建设，完工率达到60%以上。其余项目基本完成前期工作。
第三季度： 黑臭河涌整治工程进度达到90%；完成流溪河流域综合规划批复、水量调度方案和应急调度预案专家评审和报批、生态补偿方案和考核方案报批，开展41宗违法堆场的场地复绿和一级支流污染源治理，组织未贯通段整治工程施工；开展石井水厂工艺专业施工和外电施工； 开展正果厂和派潭厂的设备安装工争取投入试运营，开展吕田厂的土建部分施工和工程收尾工、灵山厂的开工前准备和大观厂、沥滘厂和西塱厂的前期工作，开展九龙一厂和九龙三厂的开工前准备工作。120个村完成生活污水处理设施建设，完工率达到80%以上。其余项目基本开工建设。
第四季度：基本消除黑臭；完成流溪河沿线41宗违法堆场的场地复绿和一级支流污染源治理，完成未贯通段整治工程施工；完成石井水厂土建主体通水部分、工艺专业和外电施工，完成调试工作，投入试运营；争取吕田厂投入试运营、灵山厂开工建设和开展大观厂、沥滘厂和西塱厂的前期工作，争取九龙一厂和九龙三厂开工建设。150个村完成生活污水处理设施建设，完成2017年度工作任务。新建处理设施收集率达85%，实现污水达标排放。